Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLIP4Q8N3C7 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CLIP4Q8N3C7 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CLIP4Q8N3C7 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLIP4Q8N3C7 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms