Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
LINC00643Q86TS7 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LINC00643Q86TS7 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LINC00643Q86TS7 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms