Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP41Q3LFD5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP41Q3LFD5 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms