Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHD9Q3L8U1 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.76
CHD9Q3L8U1 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
CHD9Q3L8U1 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHD9Q3L8U1 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms