Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIM2P55344 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIM2P55344 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIM2P55344 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIM2P55344 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIM2P55344 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIM2P55344 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIM2P55344 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIM2P55344 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIM2P55344 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIM2P55344 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIM2P55344 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIM2P55344 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIM2P55344 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
LIM2P55344 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIM2P55344 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIM2P55344 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIM2P55344 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIM2P55344 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIM2P55344 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIM2P55344 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIM2P55344 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIM2P55344 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIM2P55344 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIM2P55344 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIM2P55344 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIM2P55344 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIM2P55344 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIM2P55344 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIM2P55344 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIM2P55344 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
LIM2P55344 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIM2P55344 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIM2P55344 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIM2P55344 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIM2P55344 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIM2P55344 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIM2P55344 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIM2P55344 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIM2P55344 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIM2P55344 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIM2P55344 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIM2P55344 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIM2P55344 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIM2P55344 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIM2P55344 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIM2P55344 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIM2P55344 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms