Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A1P20849 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL9A1P20849 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms