Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS4BO75351 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4BO75351 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms