Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC3O75056 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC3O75056 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC3O75056 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC3O75056 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC3O75056 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC3O75056 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC3O75056 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC3O75056 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC3O75056 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC3O75056 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC3O75056 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC3O75056 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC3O75056 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC3O75056 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC3O75056 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC3O75056 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC3O75056 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC3O75056 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC3O75056 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC3O75056 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC3O75056 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC3O75056 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC3O75056 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC3O75056 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC3O75056 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC3O75056 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC3O75056 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC3O75056 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC3O75056 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC3O75056 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC3O75056 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC3O75056 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC3O75056 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC3O75056 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC3O75056 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC3O75056 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC3O75056 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC3O75056 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC3O75056 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC3O75056 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC3O75056 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC3O75056 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC3O75056 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC3O75056 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC3O75056 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC3O75056 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC3O75056 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC3O75056 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC3O75056 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC3O75056 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC3O75056 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC3O75056 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC3O75056 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC3O75056 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC3O75056 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC3O75056 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SDC3O75056 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SDC3O75056 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC3O75056 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC3O75056 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC3O75056 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC3O75056 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC3O75056 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC3O75056 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SDC3O75056 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC3O75056 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC3O75056 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SDC3O75056 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC3O75056 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC3O75056 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC3O75056 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC3O75056 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC3O75056 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SDC3O75056 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms