Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
SKA3Q8IX90 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms