Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms