Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms