Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS28Q9UK41 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS28Q9UK41 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms