Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HIF3AQ9Y2N7 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms