Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LIG3P49916 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms