Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CUX1P39880 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CUX1P39880 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CUX1P39880 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms