Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL9A3Q14050 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
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