Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms