Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LDB3O75112 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LDB3O75112 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LDB3O75112 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LDB3O75112 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LDB3O75112 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LDB3O75112 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms