Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
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ZNF540Q8NDQ6 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
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ZNF540Q8NDQ6 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
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ZNF540Q8NDQ6 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
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ZNF540Q8NDQ6 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ZNF540Q8NDQ6 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
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