Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms