Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.5 ms