Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-214ENST00000633367 876 ntTSL 1 (best)15.32■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-202ENST00000358230 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -02e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-211ENST00000545504 409 ntTSL 313.41□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-209ENST00000544599 2240 ntTSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.72e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 AC078927.1-201ENST00000539652 984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.66□□□□□ -0.72e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-204ENST00000534930 571 ntTSL 56.7□□□□□ -1.342e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-203ENST00000398033 844 ntTSL 1 (best) BASIC6.63□□□□□ -1.352e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-210ENST00000545407 1303 ntTSL 56.61□□□□□ -1.352e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-201ENST00000286424 989 ntTSL 5 BASIC5.64□□□□□ -1.512e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 TMBIM4-213ENST00000613669 851 ntTSL 5 BASIC2.62□□□□□ -1.992e-6■■■■■ 112.4
SF3B1O75533 KIAA1109-201ENST00000264501 15896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.38□□□□□ -1.393e-6■■■■■ 112.3
SF3B1O75533 KIAA1109-203ENST00000388738 15574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.64□□□□□ -1.833e-6■■■■■ 112.3
SF3B1O75533 PKD1-220ENST00000487932 6464 ntTSL 515.58■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 112.3
SF3B1O75533 POLE-201ENST00000320574 7840 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.424e-8■■■■■ 112.3
SF3B1O75533 POLE-207ENST00000535270 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.12□□□□□ -0.474e-8■■■■■ 112.3
SF3B1O75533 POLE-210ENST00000537064 8011 ntTSL 1 (best)10.82□□□□□ -0.684e-8■■■■■ 112.3
SF3B1O75533 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.635e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.65e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 CLASRP-202ENST00000391952 2213 ntTSL 1 (best)16.24■□□□□ 0.195e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -03e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 CLASRP-204ENST00000544944 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.065e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 VILL-201ENST00000283713 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-225ENST00000635297 1738 ntTSL 516.11■□□□□ 0.174e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.034e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-204ENST00000371218 2052 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.034e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-201ENST00000303721 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.144e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-224ENST00000635156 2172 ntTSL 513.92□□□□□ -0.184e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-222ENST00000634399 2455 ntTSL 510.67□□□□□ -0.74e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-221ENST00000634364 5360 ntTSL 59.76□□□□□ -0.854e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-223ENST00000634606 4072 ntTSL 57.79□□□□□ -1.164e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 FGGY-206ENST00000424725 4653 ntTSL 56.65□□□□□ -1.344e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 NFIX-204ENST00000585382 1083 ntTSL 513.32□□□□□ -0.284e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 SSH2-203ENST00000394848 1796 ntTSL 1 (best)13.07□□□□□ -0.322e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 ARID1B-230ENST00000637810 5073 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.553e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 SSH2-204ENST00000540801 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.3□□□□□ -1.42e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 SSH2-201ENST00000269033 9327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.42e-6■■■■■ 112.2
SF3B1O75533 DHRSX-207ENST00000478825 679 ntTSL 224.84■■□□□ 1.573e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 DHRSX-203ENST00000430536 490 ntTSL 223.45■■□□□ 1.343e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 DHRSX-202ENST00000412516 744 ntTSL 222.6■■□□□ 1.213e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.713e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 DHRSX-205ENST00000444280 797 ntTSL 218.82■□□□□ 0.63e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 SH3GL1-203ENST00000593591 1036 ntTSL 415.54■□□□□ 0.083e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 PCMTD2-201ENST00000266078 2371 ntTSL 212.25□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 DHRSX-204ENST00000441131 539 ntTSL 28.32□□□□□ -1.083e-6■■■■■ 112.1
SF3B1O75533 AC026464.4-201ENST00000570054 1284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.55□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 VPS4A-201ENST00000254950 4100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.11□□□□□ -0.471e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.082e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PABPN1-206ENST00000556809 969 ntTSL 224.47■■□□□ 1.512e-7■■■■■ 112
SF3B1O75533 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.512e-7■■■■■ 112
SF3B1O75533 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.412e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.42e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RNF4-205ENST00000504224 560 ntTSL 423.76■■□□□ 1.392e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 TMEM120B-201ENST00000342607 2766 ntTSL 223.15■■□□□ 1.32e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 12e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.972e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.912e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PAPD7-202ENST00000505457 589 ntTSL 220.06■□□□□ 0.82e-17■■■■■ 112
SF3B1O75533 RNF4-204ENST00000503659 558 ntTSL 420.03■□□□□ 0.82e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.732e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CPSF4-205ENST00000440514 578 ntTSL 319.61■□□□□ 0.732e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC19.39■□□□□ 0.692e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.624e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.64e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RNF4-209ENST00000507784 582 ntTSL 218.56■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RUSC2-201ENST00000361226 5199 ntAPPRIS P1 TSL 218.11■□□□□ 0.492e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PAPD7-205ENST00000514697 1901 ntTSL 1 (best)17.49■□□□□ 0.392e-17■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RAB6B-202ENST00000460865 723 ntTSL 516.51■□□□□ 0.232e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.232e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PRMT5-214ENST00000553915 1931 ntTSL 216.25■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-212ENST00000525165 573 ntTSL 215.68■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-213ENST00000525326 492 ntTSL 415.39■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DDX54-210ENST00000552375 780 ntTSL 515.39■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 112
SF3B1O75533 CYHR1-211ENST00000533173 6158 ntTSL 1 (best)14.72□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 HACD3-208ENST00000566239 393 ntTSL 214.71□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 C17orf99-202ENST00000451352 2404 ntTSL 214.65□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DLGAP4-208ENST00000478910 2674 ntTSL 214.65□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CPSF4-210ENST00000469897 689 ntTSL 214.63□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DLGAP4-210ENST00000479951 631 ntTSL 314.52□□□□□ -0.082e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 C17orf99-203ENST00000586029 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 314.48□□□□□ -0.092e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RPS6KA1-213ENST00000526792 2596 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.094e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PRMT5-202ENST00000324366 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RAB6B-205ENST00000486858 880 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-217ENST00000526219 1072 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 VAMP2-203ENST00000481878 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.83□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-206ENST00000594523 540 ntTSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RAB6B-201ENST00000285208 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-210ENST00000436153 705 ntTSL 213.48□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RAB6B-204ENST00000477759 586 ntTSL 513.14□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-216ENST00000525682 1235 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.322e-6■■■■■ 112
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1552.9 ms