Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4AQ9UN37 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS4AQ9UN37 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS4AQ9UN37 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4AQ9UN37 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4AQ9UN37 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4AQ9UN37 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4AQ9UN37 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4AQ9UN37 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms