Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS28Q9UK41 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS28Q9UK41 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms