Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUD5

ZCCHC3, Zinc finger CCHC domain-containing protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZCCHC3Q9NUD5 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ZCCHC3Q9NUD5 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ZCCHC3Q9NUD5 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZCCHC3Q9NUD5 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms