Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP39Q53GS9 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP39Q53GS9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms