Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 STK33P1-201ENST00000423835 1218 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms