Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms