Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms