Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ATG4BQ9Y4P1 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ATG4BQ9Y4P1 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms