Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN9AQ15858 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN9AQ15858 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
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