Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC87Q9NVE4 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms