Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NUP88Q99567 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.8 ms