Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms