Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CUX1P39880 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CUX1P39880 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.16
CUX1P39880 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CUX1P39880 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CUX1P39880 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CUX1P39880 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms