Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
MSX1P28360 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
MSX1P28360 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms