Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIG1P18858 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIG1P18858 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIG1P18858 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms