Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms