Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SKA3Q8IX90 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms