Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SCN1BQ07699 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SCN1BQ07699 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms