Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms