Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC9Q9Y3X0 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms