Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL18A1P39060 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms