Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
RHBDL3P58872 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
RHBDL3P58872 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms