Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS4AQ9UN37 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS4AQ9UN37 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS4AQ9UN37 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.9 ms