Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC21.7■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.7■■□□□ 1.07
EXOSC4Q9NPD3 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
EXOSC4Q9NPD3 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms