Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN2AQ99250 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms