Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CLIP4Q8N3C7 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLIP4Q8N3C7 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69 ms