Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.95
USF3Q68DE3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC20.92■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
USF3Q68DE3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USF3Q68DE3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms