Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
USP39Q53GS9 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP39Q53GS9 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP39Q53GS9 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms